８月３１日。福島県にある小さな村、青星村が爆発事故で消えた。
青星村の出身である妹尾麻衣は、村へと向かう。途中で同級生だった田辺美和にも会い、二人で村へと向かうが、村があった場所は何もかもなくなっていた。二人はそこで謎の女と会う。
何かが始まると思われた事故だったが、事はすでに終ってしまったあとだった。
物語のエピローグであるプロローグ。

８月３１日。直と公、二人の兄弟の物語。
事故に遭い右手が動かなくなった兄と、それを自分のせいだと責める弟。
栗原直は明るい少年だったが、ある時から変わった。
一年前の８月、兄である栗原公が事故に遭った。
ピアノの才能を持ち、将来を嘱望されていた公だったが、事故は公の右手に後遺症を残してしまう。
『どうしてあんたじゃなかったの！』
母親の叫び。
退院直前、公は失踪する。
『手を返す。』
自分の手をガラスで突き刺す直。
変わってしまった直を心配するかすみ。
時は流れ、８月３１日２１時……運命の時を迎える。
何故兄は消えたのか？
奪われた右手、差し出した左手。
再会と別れの第二話。

８月３１日。幼なじみ同士である少年少女。少年は少女が好きで、告白しようとするがなかなかうまくいかず、
きっかけがなければ、永遠に伝えることはなかったかも知れない。

野球部に所属する三浦優二は、友人達の賭けに負け、幼なじみの遠藤葵に告白することになる。
昔からの腐れ縁の少女、葵。バスケット部に所属する男勝りな少女。幼い頃は、いじめられ泣いていた優二を何度も助けてくれていた。
午後８時過ぎ、優二は葵と共に、慣れ親しんだ帰路を歩く。
言いたい。
言い出せない。
『好きだ。』
その一言。
そして、約束の時が近づく。
幸福と切なさの第三話。

８月３１日。親子の話。母が植物状態になってしまっている少年。父親ともうまく行かず、少年は悩み続けている。

すれ違い始めたのはいつからだったか。
戸惑いが嫌悪に変わったのはいつだったか。
言葉が消えていく。空気が冷えていく。
西颯太は、父が嫌いだった。
好きだった母は病に倒れ、目を覚まさない。
星青病院。
母を見舞いに来た颯太の元へ、父が現れる。
露わになる感情。
伝えたい思い。
やって来る、最後の時。
追憶と氷解の第四話。

仲の良い女の子二人。好きな先輩になんとか告白しようとするが、ある事件が起きてしまう
大好きな桐原秋。
星青高校二年生。
趣味はなんですか？
休みの日は何をしていますか？
……好きな人は、いますか？
村上さくらと須藤美保は、星青高校に通う一年生。
８月３１日、午後８時過ぎ。二人は歩いていた。
大好きな桐原秋の家に向かう為に。
指切り。
雨。
傘の思い出。
『世界を変える為には、どうしたらいいと思う？』
彼は訊ねた。
無情にも降る流れ星。
少女達が最後に見たものとは？
輝きと暗転の第五話。

……平凡で退屈な村だった。
早く出たいと思っていた。
星青村出身の人気キャスター村上蓮は、８月３１日、自ら故郷である村の壊滅の速報を伝えなければならなかった。
ついさっき、妹のさくらと電話で話したばかりだった。
何故？
原因は？
疑惑。
浮かび上がる偽装交錯の影。
現れる傍観者達。
『早くその家を出ろ……死ぬぞ。』
燃え盛る炎。
真相は闇の中に消えるのか？

９月１日、星青村。
田辺美和と妹尾麻衣は、かつて四人で埋めたタイムカプセルを掘り起こす。
『多分、あたしはハサミを持つ人間なんだと思う。』
言わない。
言えない。
言いたくない。
手を繋ぎたい。
キスしたい。
欲しい。
想いは届かない。
『あたしと付き合って。』
『俺のこと好きになってよ。』
すれ違い続ける少年少女。
失ってから気づくもの。

嘘？
本当。
嘘。
本当？
何でも知っていると思っていた。
何も知らなかった。
『これが普通だよ。』
『臆病者。』
星青村の真実。
近藤司は明るい少年だった。
田辺美和が好きだった。
妹尾麻衣は良い友達だった。
桐原秋が羨ましかった。
軽音楽部は楽しかった。
勉強は嫌いだった。
夏休み。楽しみだった。
一学期の終業式。転校する麻衣のお別れ会が開かれた。
帰り道。
いつもの帰り道の筈だった。
『それが真実だ。』
世界が、色を変える。

何故、秋という名前なのだろう。
秋に生まれたから？
秋、あき、アキ。
知らない。聞けない。
貴女は呼んでくれない。
サンプル一番。
それが俺の名前。
閉じた世界の中で、俺は生きている。
許して下さい。
許して下さい。
許して下さい。
許される訳がない。
『バカダナ、オマエ。』
桐原秋。
星青高校二年生。
サンプル一番。
レプリカブルー。
少年は自問自答する。

レプリカブルーとはなんなのか。全ての始まりの物語。

外の世界のことなんて、何も知らなかった。
何も知らなかったことすら、知らなかった。
苦しい。
辛い。
痛い。
逃げたい。
こんな世界なくなってしまえばいい。
でも。
でも？
でも……。
蘇る美しい思い出。
８月３１日。
ついに最終プログラムが発動される。
職員達のほとんども、その実験の意味を知らない。
桐原秋は、組織から離反し、命を狙われる。
逃げようと思っていた秋だが、最終プログラムの発動を知り、組織へと向かう。
母親を止められるのは自分しかいない。
ただの少年に与えられてしまった力。
少年は問い掛け続ける。
この世界に価値はあるのか。
やがて、運命の時が訪れる……。

ついに訪れた約束の時。
謎の生命体ブルーは、星青村を住民もろとも飲み込む。
残されたのは、まるで焼け野原のような風景。
これで良かったのか。
何が正しかったのか。
どこで間違えてしまったのか。
何も知らない少女と、全てを知る少年。
時は流れ、また、夏がやってくる。
少年が出した答え。
空は青く、澄み切っている。